Kalsit doğada yaygın olarak dağılmaktadır.
Sığ denizlerde veya göllerde genellikle geniş kireçtaşı katmanları oluşturacak şekilde çökelir.
Yeraltı suyu kireçtaşını çözebilir ve ayrıca sarkıt, dikit ve traverten gibi kalsitleri yeniden oluşturabilir. Su tablasının yakınındaki toprakta aktif olan yeraltı suyu, genellikle belirli bir yatay düzlem boyunca dağılmış kalsit nodülleri oluşturur; jeologlar bunlara genellikle kalkerli nodüller adını verir.
Hidrotermal aktivite sıklıkla kalsit damarları oluşturur; bazıları mineral içerir, bazıları içermez. İyi-biçimli kristaller genellikle jeotlarda bulunur.
Magmatik aktiviteyle oluşan karbonatlarda kalsit tipik olarak yaklaşık %80'i oluşturur.
Ayrıca kalsit, kırıntılı tortul kayaçlarda çimento görevi görür ve temel magmatik kayaçların değişiminden türetilen ve çeşitli kayalara katkıda bulunan bir mineral olarak da işlev görür. Yeraltı suyu aktivitesi nedeniyle kalsit damarları sıklıkla çeşitli kayaların çatlaklarını doldurur.
Sedimentasyonla oluşan kireçtaşı sıklıkla bölgesel veya kontakt metamorfizmaya uğrar; bu sırada içindeki kalsit daha kaba kalsit agregatları-mermer oluşturacak şekilde yeniden kristalleşir.
